立體解剖顯微鏡最常見的用途為：礦(玉)石透析、金屬表面分析、零件輪廓比對、IC接腳檢驗、晶圓電路研發、昆蟲生態紀錄、印刷網點、指紋鑑識...等廣泛被採用，大部分觀察不透光的物體。與生物顯微鏡比起來，其樣品採集取得上較容易，幾乎隨手可得，無所不看；在老師的教學中，會使課程更為活潑生動，操作簡單易上手，能幫助學生提升成就感以及對科學的興趣，但由於應用領域上的不同，立體與生物顯微鏡都是自然生物課程中不可或缺的主角也都無法被對方取代。